在上一季的季末，一場瘟疫的爆發讓瑪麗和弗朗西斯之間出現了嚴重的問題：弗朗西斯執意要去接Lola(安娜·帕波維爾 飾)回來，而瑪麗則認為他應該更加重視身為王者的責任。最后，一道落下的城門讓很多美劇迷擔心，弗朗西斯還能活著回來嗎?在《風中的女王》第二季中，弗朗西斯雖然活著回來了，但這場瘟疫還在繼續，成千上萬的人因此死去，整個法國都受到了極大的影響。正是在這種風雨飄搖的狀態下，弗朗西斯開始了新的統治，而宗教和政治問題將嚴重影響他與瑪麗的婚姻，也會影響到兩個國家的人民。