遠在人類文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麼族就被兩只大昆蟲型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毀。而在一次山崩後，現今日本的伊房島上卻將埋藏在地下的摩斯拉巨蛋發掘來。其後三只史上最強大的怪獸—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰頭對決，雖然大怪獸摩斯拉及巴特拉聯手成功將哥斯拉封印在海中，但人類的危機卻并未解決，因為一顆超巨大的隕石將撞向地球…