1992年，日政府在關西的筑波建立國際哥斯拉對策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—機械哥斯拉。以大前博士為首的考察團到達亞度諾亞島時，發現了一只完整無缺的蛋。當團員把蛋帶回京都時飛翼龍拿頓出現并攻擊考察團一行人。這時哥斯拉亦在亞度諾亞島出現，兩只怪獸由海上戰斗到陸上……