第二部的劇情是接再第一部之后發展的，升上小學四年級的一小麻煩魔女們在“最后一次”到魔女世界去的時候，從盛開的花朵中看見了誕生的魔法嬰兒。因為魔女世界里有一條規定：第一個看到魔法嬰兒誕生的魔女就必須當她的母親照顧她一年。 就因為這個緣故，小麻煩魔女們又回復了魔女見習生的身分，并接受女王陛下的托付，照顧魔法嬰兒小花一年。如果能夠平安的養育小花，并通過定期健康檢查，就能升格為真正的魔女。 為了照顧小花，小麻煩魔女們將原本販賣用魔法黏土作出小飾品的魔法堂，改裝成像花園魔法堂，并且開始做起賣小盆栽的生意。如此一來就可改變成最適合小花成長的優良環境。 就這樣，小麻煩魔女們和小花制造了許多回憶。但好景不常，某天，小花不明的發高燒。為要救小花，小麻煩魔女們潛入了被詛咒的森林摘取“真愛蘇布里姆花”，但要摘取花朵，就得犧牲魔女水晶球。 費盡千辛萬苦，小麻煩魔女們還是摘到了真愛蘇布里姆花，醫治了小花。但是一年的期限卻也隨之到來。小花回到了魔女世界，和小麻煩魔女們分開之后，每當有小嬰兒來到花園魔法堂，總會讓小麻煩魔女們一陣鼻酸…