第二部的劇情是接再第一部之后發(fā)展的，升上小學(xué)四年級(jí)的一小麻煩魔女們?cè)凇白詈笠淮巍钡侥澜缛サ臅r(shí)候，從盛開的花朵中看見了誕生的魔法嬰兒。因?yàn)槟澜缋镉幸粭l規(guī)定：第一個(gè)看到魔法嬰兒誕生的魔女就必須當(dāng)她的母親照顧她一年。 就因?yàn)檫@個(gè)緣故，小麻煩魔女們又回復(fù)了魔女見習(xí)生的身分，并接受女王陛下的托付，照顧魔法嬰兒小花一年。如果能夠平安的養(yǎng)育小花，并通過定期健康檢查，就能升格為真正的魔女。 為了照顧小花，小麻煩魔女們將原本販賣用魔法黏土作出小飾品的魔法堂，改裝成像花園魔法堂，并且開始做起賣小盆栽的生意。如此一來就可改變成最適合小花成長的優(yōu)良環(huán)境。 就這樣，小麻煩魔女們和小花制造了許多回憶。但好景不常，某天，小花不明的發(fā)高燒。為要救小花，小麻煩魔女們潛入了被詛咒的森林摘取“真愛蘇布里姆花”，但要摘取花朵，就得犧牲魔女水晶球。 費(fèi)盡千辛萬苦，小麻煩魔女們還是摘到了真愛蘇布里姆花，醫(yī)治了小花。但是一年的期限卻也隨之到來。小花回到了魔女世界，和小麻煩魔女們分開之后，每當(dāng)有小嬰兒來到花園魔法堂，總會(huì)讓小麻煩魔女們一陣鼻酸…
