擊敗終極殲滅者后，海陽博士為幫助眾人返回現世空間而啟動聚核基因石，卻不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片進入了不同的空間縫隙，引起空間縫隙能量失衡，導致大量時空異常現象出現。為避免時空交錯，引發空間混亂，海澄與變形聯盟四位成員開始尋找并修復出現的空間縫隙。而另一邊，浩肯星一方也派出精銳部隊來到地球，旨在搶奪基因石碎片能量，消滅變形聯盟。面對修復空間縫隙的艱巨任務，面對來自浩肯星的新的敵人和威脅，海澄和變形聯盟成員毫不退縮，全力以赴。他們憑著過人的機智，同伴間的信賴，以及面對強敵的勇敢無懼，粉碎了敵人的一系列行動計劃，擊倒了強大的對手，最終守護了時空的平衡與地球的和平。