《海上絲路南珠寶寶2》主要角色分為兩大陣營，其中正面人物有海洋精靈南珠寶寶、美人魚貝貝和阿布船長，反面人物有海怪哥斯拉和龍蝦皮皮特、小螃蟹小鉗子兩個小跟班，客串角色還有鯨魚、海豚和恐龍等。《海上絲路南珠寶寶2》的故事發生21世紀初期的中國北部灣海洋，在這個虛構的童話世界里，精靈、動物和人類和諧共存，他們相互交流，相互影響，精靈和動物們不僅擁有與人類一樣的七情六欲，擁有理想和追求，還擁有一些特殊的能力，比如主角南珠寶寶就擁有精靈的超能力，在特定的時候會爆發，發揮作用。動畫片明暗兩線交替展開故事情節。在北部灣沿岸，潿洲島上的一座燈塔中住著一位阿布船長，他是燈塔看守人，而南珠寶寶和貝貝則是他的兩個學生，在這里接受阿布船長的訓練，并且和他一起守護鎮塔之寶——黑珍珠。因為黑珍珠擁有超自然的力量，這種力量可以給航行者指引，保一方平安。海怪哥斯拉非常想得到它。為此，他想出了各種陰謀詭計，千方百計的要得到黑珍珠。而南珠寶寶則與海怪展開了較量，一次又一次的在海怪的陰謀下奪回了黑珍珠，同時他還肩負起了保護海洋的重任。