在城戶沙織以“銀河戰爭”的開幕為開端，覺悟到自己要為將在圣域蔓延的邪惡曝光于天下而戰的宿命之后，感覺到紛爭氣息的邪惡女神“厄里斯”在彗星“雷帕魯斯（Repulse）”的引導下再次襲擊地球，企圖為大地帶來流血混亂。為了粉碎她的野心，身為雅典娜的侍女的圣斗少女們陸續展開了激斗！