20世紀末，世界各地的天才少年組成了一個名為"煉金之星"的組織，其成員之一的高山我夢作為"XIG"的一員，靠大地給予的紅光變身成蓋亞·奧特曼后，投入了同CRISIS計算機所預測到的"根源性毀滅招來體"進行的誓死決戰中；另一方面，已脫離"煉金之星"的"藤宮博也"堅定地認為：對于地球而言，人類才是真正的癌細胞。他憑著"藍光"的威力，變身成與"蓋亞"相對立的"藍色奧特曼--阿古茹·奧特曼"。作為日本平成年度奧特曼三作品的壓軸戲，蓋亞·奧特曼其最大的變化在于"蓋亞和阿古茹"這二個敵對、且都為地球人出生的"人類奧特曼"的登場。當然，他倆的戰斗場面也屬前所未聞。同時，二人的對立觀點貫穿前半段，因此前半段貼近于連續劇。