《忍者神龜》講述了在紐約市一條大街的地下管道里住著四只功夫高強的忍者神龜和他們的老師斯普林特一只來自日本的超級大老鼠。神龜們各個驍勇善戰，身懷絕技，為了維護正義，保衛城市家園，他們同狡猾的巴克斯特斯多克曼博士、紫龍幫的壞蛋以及一伙神秘且訓練有素的忍者展開殊死搏斗。這四只神勇無比、所向無敵、神氣十足的小烏龜，手執武士刀、武士棒、雙節棍和忍者匕首，披掛上陣英勇迎敵，團結如兄弟，不畏邪惡與恐嚇，始終與妖魔鬼怪斗爭著……性格迥然的小烏龜還以知名藝術家、科學家命名，分別是他們的領導者達芬奇、個性沉穩的愛因斯坦、隨和體貼的拉斐爾和最愛搞笑的米開朗基羅。這四只大名鼎鼎的小烏龜，是動畫史上最強的忍者。