公元23世紀，人類已經移民到了火星。某日，火星出現了一艘外型頗像紙鶴的外星人宇宙飛船，并且還有另一股擁有忍者造型的外星人勢力正在追殺它。對火星軍高壓政策不滿的少年少女喬、麥克與雷咪，意外地卷入了這場外星人之間的爭斗。而喬更是啟動了連紙鶴船外星人自己都無法駕駛的機械人黑獅子，幫助了紙鶴船上的外星人。之后，喬等人得知，紙鶴船上的外星人來自遙遠的拉多利歐星，而該星球正遭受到布姆軍的侵略。美麗的拉多利歐星公主羅米娜受到其父指示，帶著傳說中三臺無敵，但卻無人能駕駛的機械人前往銀河另一端的地球，尋找傳說中可以駕駛機械人的忍者一族，以挽救母星的危機。而將自己種族出生率降低的危機，歸咎于人們缺乏競爭心，而展開侵略大業的布姆軍，則和野心勃勃的火星軍司令連手，在以優勢大軍追殺紙鶴艦之余，也開始準備要染指地球。不過，喬一行人與危急時必然會神秘現身的忍者機械人飛影，自然不會讓布姆軍的計劃得逞。只不過喬與拉多利歐星人彼此的立場沖突，也讓這場逃亡與對抗之旅變得更為復雜……