為了得到從伽帕尼姆礦石采收的超級能源光子力，企圖征服世界的地獄博士開始攻擊該光子力研究所。主人公兜甲兒搭乘超級機器人魔神Z與其展開戰斗。地獄博士的部下阿修羅男爵、伯羅肯伯爵操控從巴多斯島挖掘出來的機械獸擋在了甲兒的面前，甲兒搭乘祖父十蔵制作的用最強金屬超合金Z制作的魔神Z一同投身激戰中。然而，這個戰爭隱藏著的是兜一族和Dr.赫魯的過去因緣、米克內文明巴多斯島之謎和魔神Z的秘密，謎團交錯的故事即將拉開序幕……