該動畫講述的是由4只基因突變的烏龜所組成的忍者團體，并得到斯普林特師父的忍術訓練和指導的故事。他們住在紐約曼哈頓的下水道，夜間出動，打擊街頭犯罪、邪惡勢力和外星入侵，同時他們始終和外界社會保持距離。