2016年，日本的首都圈突然出現巨大的繭。從初次被確認以來已經過數月，其正體仍未判明，人們將這正體不明的繭稱作Phenomenon。唯一能夠明白的事實是，被吸收到Phenomenon內側的人們會開始發狂并互相殘殺。對此感到焦躁的日本政府為了解決突然出現的Phenomenon而組織了特殊部隊。總務省情報管理廳管轄擴張現實特殊戰略隊群特別攻擊隊——又名，擴張少女系Trinary。