故事講述了不明國籍的少女檸檬突然出現在小新面前，給他帶來了偶像動感超人的訊息:"新之助君，從今天起你就是實戰間諜了。和我一起為正義而戰吧！" 喜出望外的小新開始在檸檬的指導下進行特訓，兩人組成了間諜搭檔，飛速成長。 動感超人終于下達了新的指令:"向你們任務。邪惡博士藏匿了我的正義膠囊，將它奪回。" 行動開始。小新和檸檬來到了邪惡博士所在的海德爾納王國。小新潛入研究所，單挑安全系統，見到了博士。誰知博士竟說出了驚人的秘密……