在這個布滿運河及迷宮的美麗水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到擁有不可思議力量的寵物小精靈拉帝歐斯和拉帝亞斯，這對感情非常要好的兄妹一直默默地守護著水都的秘寶「心之結晶」。但是，一對怪盜姊妹看上這件秘寶并開始進行搶奪行動。就在怪盜姊妹抓了拉帝歐斯，啟動「心之結晶」的封印時，海水開始淹沒水都……小智和比卡超他們怎樣解決這場危機？