三年前的那場事故 使得涼宮遙以及鳴海孝之的人生發生了巨大的變化。遙昏睡了整整三年 即便是蘇醒后的短時間內 記憶也一直是處在混亂狀態。孝之因為遙的事故而深受打擊 過著茫然自失的生活。但是全靠了速瀨水月獻身性的努力 雖然幾經周折但還是振作了起來.現在在Family﹔estaurant——Skytemple打工中。遙也找回了記憶 病情也康復了 上就能夠出院了。隨后在遙出院的當天 孝之以及好朋友平慎二.遙的父親宗一郎以及遙的妹妹茜一起 前往醫院迎接出院了的遙。但是在那里 并沒有出現一直支撐著孝之 甚至想到過了結婚的水月的身影…