傳說中，圣杯是能夠實現擁有者愿望的寶物。 為了讓這圣杯出現必須要進行一項儀式，被圣杯所選的七位魔術師MASTER，將被賜與圣杯所選出的七位使魔SERVANT：劍士、槍兵、弓兵、騎兵、魔術師、暗殺者、狂戰士。魔術師必須與這七種類的使魔其中一位訂下契約，并證明自己是最適合圣杯的人。換言之，魔術師必須消去其它的魔術師來證明自己是最強的，這樣一整個求取圣杯的儀式被稱為“圣杯戰爭”。 小時候因為火災失去雙親的主角，被一位自稱魔術師的人領養，雖然不顧養父的反對硬要學習魔術，但毫無才能的他學了好幾年也只學會了一種，現在養父過逝了，主角也還是位不成材的魔術師。 在偶然的情況下卷入魔術師之戰的主角，與七人之使魔之一，SABER，結下了契約，在非自愿的情況下成為七人之魔術師其中之一，主角的命運將會是…