位于東京的東都線地鐵開通當日，一起針對東京都知事朝倉優一郎的炸彈襲擊事件爆發，導致東都線列車損毀。經過一番推理，柯南等人認定這與8年前朝倉主持負責的北之澤水壩的修建有關。當年為了修建大壩，朝倉動員北之澤村的人民搬入新村，可是仍有許多人反抗到最后階段。為了探明真相，柯南等人開赴白雪皚皚的北之澤。在這片純凈的雪國，少年們盡情玩耍，與此同時他們也遇到了幾名原北之澤村的村民，山尾溪介、遠野瑞希、立原冬美等人。他們是從小一起長大的好朋友，而彼此之間似乎又有著某種芥蒂和秘密。