已經迎來了宇宙開拓時代的人類，組成了為開采在宇宙行星的資源進行支援的戰斗組織[ZAP SPACY] 。『超級銀河—大怪獸亂斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙運輸船船員們而展開的故事。他們更改了當初的航行計劃，并駛向了宇宙的邊境行星——波利斯。正是因為來自波利斯的定期聯絡突然被中止。而原因卻不明……不久到達波利斯的4名隊員，等待著他們的卻是波利斯已被荒廢的慘狀。4人正準備調查此事時，面前出現了巨大的身影。