小智,皮卡丘,長尾怪手終于到達神奧地方。小智在打電話給大木博士的途中遇到了火箭隊的突襲而同皮卡丘失散,便與長尾怪手立刻出發尋找皮卡丘的身影;另一方面,新人訓練家小光的媽媽彩子曾是頂尖協調訓練家,小光亦想成為頂尖協調訓練家,于是由雙葉鎮出發展開路程.可是她在真砂鎮迷路,之后她碰上山梨博士,到達他的研究所,在發生了一些列事件后,小光選擇了波加曼作為初始的神奇寶貝開始旅行。在嘗試捕捉神奇寶貝的途中,小光遇到了與小智失散的皮卡丘,因緣際會的小光從火箭隊的手中救下了皮卡丘。