繼續(xù)延續(xù)上一季的劇情，原來穆德受了騙，及時(shí)發(fā)覺錯(cuò)誤后和史考莉串通好來騙政府高層，以潛入一個(gè)“作為一個(gè)普通FBI特別探員不該進(jìn)入的地方”搜集需要的資料。本季發(fā)展越來越精彩，一些沒有被完全改造的混血外星人聯(lián)合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時(shí)子宮被移除，但今年卻出現(xiàn)了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆，客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映，加入了一些角色及內(nèi)容，“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯，穆德再一次接近事實(shí)的真相。穆德前女友的出現(xiàn)也對穆德與史考莉間的關(guān)系做出重大考驗(yàn)。該季結(jié)束于吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗。
神童 The End一個(gè)象棋神童遭人意圖暗殺。FBI調(diào)查此案，Mulder的前搭檔/女友Fowley也參與了調(diào)查。CSM沒有死，被辛迪加找了回來幫助奪回神童。這個(gè)會讀心術(shù)的孩子竟然是個(gè)“完整”的人類標(biāo)本，他體內(nèi)所有普通人類…
雙瘋 Folie A Deux一個(gè)公司職員劫持了整個(gè)公司的人，他相信他的老板是個(gè)怪物，正在把公司的人一個(gè)個(gè)變成僵尸。Mulder自愿成為人質(zhì)，也看到了那個(gè)怪物。但沒有人相信，還因?yàn)樗磻?yīng)過激把他關(guān)進(jìn)了醫(yī)院。Scul…
