哥譚第二季延續了第一季的劇情，講述了DC漫畫中罪惡都市哥譚市的早期情況，第二季名為反派的崛起，其中講述了各大DC反派和英雄的發展史，包括小丑（第二季第三集死亡，并于第三季復活，演員不變）早期的故事，艾德華·尼格瑪（謎語人）開始步入歧途，企鵝人開始掌控哥譚，蝙蝠俠，貓女，毒藤女，稻草人等人幼年時期成長的故事。本季引入漫畫反派“飛虎女”和她的哥哥Theo·Galvan——擁有億萬資產的實業家，自詡為哥譚的救世主，組織了阿卡姆瘋人院首次越獄，包括芭芭拉，小丑等人，并利用他們組織犯罪活動。