該劇由來自《迷失》的制片人組合J.J. Abrams和Bryan Burk打造。第二季的故事緊接著第一季，在Finch（邁克爾·愛默生 Michael Emerson 飾）被神秘的Root小姐綁架以后，“西裝男”John Reese（詹姆斯·卡維澤 James Caviezel 飾）只得求助于他在紐約警局兇殺科的偵探朋友們Carter（塔拉吉·P·漢森 Taraji P. Henson 飾）以及Fusco（凱文·查普曼 Kevin Chapman 飾）的幫助，經過縝密調查，終于將Finch救出，卻被Root逃脫?？此苹謴腿绯醯纳?，其實暗藏危機。除了，一心想要把Finch的程序公開化的Root以外，他們還要找出HR真正的幕后黑手。另一方面，聯邦調查局和中央情報局都在不遺余力地想要找出John。只要機器存在一天，這個城市仿佛從來不讓他們休息......
Finch繼續和Root尋找機器的下落。Reese和Shaw也緊隨其后，當然機器也沒忘讓他倆再幫幾個人。最終Finch和Root找到了機器所在地，但機器已經不見了，只剩下一個看守。一個壞蛋死后，他背后的老板，一個神秘女人出…
機器的行為變得十分古怪，提供的號碼毫無規律，Reese和Finch意識到機器可能感染了一種病毒（毫無疑問，是Stanton的病毒，而且是來自中國的病毒）。當他們追查病毒來源并思考解決之道時，調查組正在調查一個神秘…
