450年前，企圖稱霸宇宙的哈迪斯大帝戰敗而被幻神星人娜倫用史特拉石碑陣封印。 450年后的現代，為了復活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣機動騎士與宇宙巨獸攻擊地球。幸運的是，在此同時，幻星神獸雷零守亦因此蘇醒，而原來平凡的高中生伊達翔太、真田由加以及就讀京南大學的平賀真也，受到召喚化身成為幻星神戰士，負責保護地球這一神圣使命。