潛艇總動員：外星寶貝計劃劇情講述了在企鵝教授和海豹鎮長的宣傳帶領下，海底社會認同了“外星人有害論”的觀點。小潛艇阿力偶然遇到來地球游玩卻和父母走散的小外星人WUGU，通過了解阿力發現外星人不但不危險，還很友好。　　為了幫助WUGU找到父母，阿力和朋友貝貝克服了重重，揭穿了企鵝教授的陰謀，成功送WUGU回了家。最終，海底生物和外星人成為了朋友，海洋世界再一次恢復了平靜。