科學警備隊隊員光超一郎從宇宙空間站EGG3前往地球的途中與不明宇宙人遭遇，自稱為"奧特曼"的宇宙人告訴他地球上的各種怪獸與超自然現象危機迫在眉睫，但奧特曼無法以宇宙人的身姿在地球上長期生活，所以便借用光超一郎的身體與之合為一體，并可以用"閃光之星"來隨時變身，使人類得以應付即將到來的各種危機…作為奧特曼系列的動畫版，比起特攝片有固有的優勢。在這里，主角可以做以前奧特曼們無法完成的特技。同時在一話中可以有數個奧特曼和怪獸登場，而不用額外的開銷。而且，怪獸的設計者們不用再被這個時代"怪獸的皮套需要適應人的體型"這一技術條件所限制。因此，他們的創造力可以無限發揮。