G-Force定下了新的對G方法，名叫T計劃。由大久保博士提出，內容是利用心靈感應控制哥斯拉，然後利用新發明能分開攻擊的新莫基拉消滅哥斯拉，而同一時間有一只和哥斯拉一樣擁有G細胞的宇宙怪獸太空哥斯拉正從太空飛來準備襲擊地球，原來在1992年摩斯拉一役後，摩斯拉飛上太空時連同G細胞一同帶往太空并和一些不知名物質結合後形成太空哥斯拉。人類到底能否逃過哥斯拉及太空哥斯拉的危機……