近未來的東京，有著一個為了奪取“最強武器”而建立的兩大組織，以開發最強兵器為目的的導示重工，和通過操控遺傳因子來制造優秀人類的NSWF。他們的共同目的只有一個，就是得到那個擁有著最強威力、并且只有通過被選中的女人才能操縱的終極武器“WITCHBLADE”。地震災害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，兩人幸福的生活著，但是，等待著她們的卻是，WITCHBLADE那暗之力的召喚，以及異常殘酷的命運……