傳說在地球被一顆隕石撞擊之后，另一半的星球上的生靈在日益毀壞的生態環境下，面臨越來越痛苦的境遇。斯凱普林管道公司在挖掘地下時，將兩個世界打通。馬里奧和魯基兄弟本來是管道工，因為戴西被抓，他們一同進入巖層，來到由庫帕控制的另一個世界。庫帕運用他的機器，可以將生物隨意進化或退化，而可以統一兩個世界的正是戴西，她手中的隕石碎片成了大家爭搶的目標。兄弟二人發揮了他們的所長，幫助戴西使父親復原，并穩定了混亂的局勢。