與白色彗星帝國作戰三年后——為了拯救瀕臨滅亡的加米拉斯民族，戴斯拉總統繼續探索新的母星，最終在銀河的一處找到了符合條件的行星。但是，那里是強大的星際國家的領土范圍內。在銀河中爆發的領土紛爭，導致與加米拉斯締結安全保障條約的地球被無情地卷入到了其中。給地球帶來軍事、經濟優越性的時間斷層技術，以自己的生命為代價而消失了——雖然被自責的念頭驅使著，但依舊擔任著大和號新艦長的古代進，為了應對即將到來的事件，和新船員們一起開始了航海訓練。卻也不知道其中混進了什么人在盯著自己。盡管如此還是要“活下去”在從未有過的不安時代，大和號迎來了新的旅程。在那前方，有著超乎想象的新敵人在等待著他們……