故事是以原作為基礎的原創劇情。在男子學校－藤森學園有個公開的“公主”制度，就是讓外表長的漂亮的學生打扮成女孩子的樣子，以給校園生活增添情趣。以被選作為“公主”的豐實琴、四方谷裕史郎、河野亨的3人為首，由有個性的成員展現的每一天在某一天發生了變化。轉校生花園音也設立了新的學生會，并率領對抗公主的“黑公主”，向原來的公主發起了挑戰。在這里，學生會和新學生會，公主和黑公主的美麗又激烈的戰爭就此開始……
對潛伏在地下的裕史郎、亨已經再次返回公主陣營的實琴來說，終于到了和黑公主決一勝負的時刻了。黑公主們也意識到自己是無法戰勝公主的。而且他們也都知道了音也和有定會長之間的關系。但他們還是堅持要跟隨音也到底…
由于九條院的背叛而在選舉中敗北的舊學生會，以及舊學生會的支持者遭到了新學生會的肅清。九條院實行的是嚴格的鐵血制度。只要支持公主和舊學生會的人都會受到反公主派的嚴厲打擊。選舉后兩周，九條院和黑公主入主學…
