ここは千代田區にある 気象庁／特異生物部／対策課? 通稱【気特対】 。人々の生活をおびやかすM災害に日夜、対処している課である 。トイレでは何やら対策本部部長?久里浜（松重豊）と課長の室町 （ 皆川猿時 ） が明日からやってくる新人の話で盛り上っている。気特対室でも機動班?班長灰田（高橋一生）、ベテランオペレーター山際（ 松尾諭）、新人オペレーター森橋（中村靖日）らが、久々の若き 女性新人の配屬に話題はつきそうもない。機動班4年目である朏（尾野真千子）だけが教育擔當を任され、ひとり浮かない顔である。翌日、気象庁駐車場の気特対ワンボックスカーでは新人?藤澤さくら（石橋杏奈）が朏を待っていた。保管されたＭがいなくなったという報を受け、筑波の気象研究所へと向かうためだ。これが、これからパートナーとなる生意気そうな新人?さくら と朏の 出會いであるが、二人はこれから起こる顛末に、力を合わせて立ち向かう事をまだ知らない。他にも気特対にはさまざまな人間がいる。依頼を受け配屬された數學者?案野（加藤貴子）もその一人である 。彼女は奔放な閃めきでMの実像に迫る。今日も、新たに出現したM災害で忙しさに追われるメンバーたち。いつ訪れるかわからないM災害。それに立ち向かうのは、少し生きるのに 不器用なフツーの 公務員（ 気特対）たち。その日常がこれから始まる…。