《非法智慧》講述的是校園里發生的驚險科幻故事。一年前，女孩兒桑薇發生意外，得到了夢九中學學生陸羽的幫助。一年后，桑薇考入夢九中學，驚訝地發現她心目中的優秀男孩兒陸羽已改名為梅山，與以前判若兩人。陸羽的父親是醫學院腦外科專家陸翔風，正值事業輝煌時卻死于煤氣爆炸。陸羽的伯父也從這座城市消失處無影無蹤。與此同時，桑薇身邊的不少同學也在發生著奇怪的變化：衣領上出現了“七星瓢蟲”的圖案：有的人學習成績突然提高了；有的人在做了一個“怪夢”以后，變得莫名其妙了……