影片主要講述了在中國少林寺附近有一個武術學校，有一個天才少年（張壯飾演）為了獲得南平拳的絕藝，打敗了許多對手，但最后的對手卻在日本。于是，功夫小子來到日本，與太極拳傳人（泉平子飾演）相遇，同時，發現了黑文部博臣（西村雅彥飾演）領導的‘黑文部省’侵占日本文部省乃至統治整個國家的陰謀活動，其實黑文部博臣就是功夫小子的最后對手。在泉和玲子（藤本七海）等孩子們的幫助下，打敗了最后的對手，戰勝了‘黑文部省’，保衛了日本的文部省和日本的和平。功夫小子最后回到了中國，獲得了南平拳絕藝故事。