萌寵特工隊之致命病毒劇情講述睿智帥氣的加拿大海歸李峰、巧妙變裝獲取信息的美女姍姍、喜歡泡妞但內心善良的飛哥、精通黑客技術的貝兒、擅長狗語的小波，五人五色，共同組成萌寵特工隊，幫助人類找尋丟失的愛犬。在找狗的過程中他們意外卷入了一起偷狗事件，五人開始追查幕后黑手。此時網上關于狗狗攜帶病毒的謠言正被廣泛傳播，養狗人士聽信謠言紛紛棄狗。這正中了偷狗人的圈套，他們不費吹灰之力就可以在街上把狗拉走。　　萌寵特工隊一面需要緊急制止謠言，一面又需要抓捕幕后黑手。幕后黑手也巧設陷阱等待著特工隊的到來。危機四起，病毒謠言如何破解?特工隊能否識破陷阱，抓到幕后黑手?