在全球怪物災難爆發后，世界各國于1966年成立了地球防衛隊，以應對來自地球內外的怪物和外星生命的襲擊。如今，人類對自然界的破壞和全球變暖現象日益嚴重。一天晚上，宇宙甲殼怪物巴贊甲出現了。地球防衛隊的清理行動遇到了困難，比留間弦人領導的特殊部隊陷入了絕望的境地。這時，一個神秘的巨人帶著耀眼的光芒降臨了。這是一個身份不明的大型外星人，代號為“奧特曼”，幾十年來在宇航員中一直有著他的傳言。后來，弦人被傳喚到指揮中心，突然接到成為特殊怪獸對應分遣隊指揮官的任務。SKaRD是一支秘密組織的特殊怪物反應分隊。他指揮的這支特殊部隊，以駕駛巨型怪物形狀的機器人阿斯加隆為主來對抗怪物災難。同時，他還奉命調查在巴贊甲之戰中出現的奧特曼是否為必須消滅的敵人。