夢幻的初音島上發生了不可思議的現象，本不會枯萎的櫻花在一夜之間突然枯萎了。兩年之后，櫻花再度在初音島上綻放。主人公朝倉純一進入風見學園，繼續過著校園生活。他的口頭禪“好困”消失了，變成了勤勉努力，熱衷體育的開朗青年。此時，他的兩個妹妹，兩年前離去的朝倉音夢……