果凍武術學院里本來是一個和諧的地方，果凍們在里面快樂地學習、玩耍。不料有一天來了一個不速之客，他是四大惡賊之一――賊眉鼠眼，他擾亂了學院里的安寧。方丈為了維護和平，把夜燕以及上官子怡，梨花詩，花如意趕到天山上，希望他們成為果寶女特攻。而自己則把神將劍賣給了陸小果，赤霄劍送給了菠蘿吹雪，圣道劍送給了橙留香。果寶特攻們聽說大魔頭東方求敗和四大惡賊殘害村民，就下決心要為民除害。不料這是跑龍?zhí)仔」５脑幱嫞核冉o七色彩蓮下了三種最毒的毒：孔雀石綠、蘇丹紅、三聚氰胺。然后派一些水果村民到處散布謠言，說東方求敗創(chuàng)立的水果加工廠，是水果們的地獄，好讓他們斗個兩敗俱傷。后來，一場官司證明了東方求敗以及四大惡賊是清白的。小果叮設計捉住了果元天尊的五個駕駛者，并且駕駛著果元天尊跳上了花果山第七層。花果山第七層可不是人人都可以上去的地方，它是一個倒立的三角形，只要別人在上面召喚果寶機甲，花果山第七層就會立刻倒塌。以小果叮為首的跑龍?zhí)讉兒鸵猿攘粝銥槭椎墓麑毺毓冊诘谄邔诱賳玖斯麑殭C甲，就使第七層變得非常不穩(wěn)定。魔霸天王為了水果世界，為了支撐花果山第七層，為了給果寶特攻爭取時間，不惜一切代價，抽干了火山能源，最后還啟動了生命之源。而第七層又是一場激烈的戰(zhàn)爭。果寶特攻們見合體不行，就分體進攻對手。一開始占了上風，可是后來梨花詩和菠蘿小薇不幸被抓住，被踩死，陸小果和花如意也因為雙劍合壁進攻失敗而被偷襲而死，上官子怡為了救橙留香而犧牲，菠蘿吹雪也因為偷襲失敗而死。最后一個橙留香為了水果世界而開啟生命之源，使用了正氣乾坤炮，最終也犧牲了。本來小果叮就要贏了，誰知有一顆正義之心的果寶特攻們復活了，機甲也都黃金升級。本來可以打敗對手，可是當橙留香得知魔霸天王的能源就要用光時，丟下武器，帶領著果寶特攻們接替頂著第七層。小果叮因為沒有當過好人的主角，所以用從天山果姥手中搶來的唯一一顆牛黃解毒丸救活了七色彩蓮，水果世界重獲新生，水果們大團圓！