在遙遠的未來，海賊船是一種被認可的私掠船。在這樣的時代中，女高中生茉莉香一邊在參與宇宙巡航部的活動，一邊在咖啡廳打工。某天，一對男女突然出現在她的面前，自稱是茉莉香已逝的父親的部下，邀請她擔任宇宙海賊船“弁天號”的船長。根據在一個世紀前的獨立戰爭中發行的“私掠船只執照”，失去了船長的海賊船，其繼承權將由船長的直系子孫獲得。踏入無法預料的新生活的茉莉香，在前方等待她的究竟是……