繼承上一季，版季度講述了新學期開始，莎莎和乃香成為菲諾奈學院女子中學部三年級學生，過著普通女孩的學校生活。而美波、米波和保倫在上次戰斗后陷入了漫長的沉睡。此時在光之園，在激戰后受了傷的女王分裂成數個部分，消失在遠處。同一時間，莎莎和乃香遭到了薩凱那的襲擊。突然，美波和米波蘇醒過來，兩人使用新的變身器再一次變身成「Pretty Cure」，而且力量居然也提升了。為了讓失去記憶和原本姿態的女王恢復原樣，莎莎和乃香，蘇醒后力量提升的美波、米波和保倫，將和不可思議的少女，九條光展開新的故事。