漆黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機構，盜走了記載著各國諜報機構重要數據的絕密文件。日本警方和FBI探員赤井秀一立即與間諜展開追逐。最后，逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天，柯南和伙伴們來到東都水族館觀光，結果發現一名受傷的美麗女子。該女子處于失憶狀態，身上的手機也破損無法使用。柯南等人答應要幫她恢復記憶，當他們七嘴八舌之際，藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德冷冷地注視著這一切。在相處過程中，女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀對其真實身份產生懷疑。 剛剛還一派祥和的水族館，沉浸在快樂之中的人們，根本不會想到隨著那名神秘女子記憶的恢復，自己馬上就要被卷入黑暗組織的殺戮和混亂之中……