在這個世界上，存在著許多地球人所不知道的宇宙人。而“宇宙警探elDLIVE”則是一個為了維護宇宙的秩序與和平而日夜與惡勢力持續戰斗著的組織。在地球生活的少年九之瀨宙太，自記事起，就一直能聽到別人都聽不見的不可思議的“聲音”。有一天，宙太突然被物色成為宇宙警探elDLIVE太陽系方面署的署員。在接受錄用考試時，宙太第一次見到了“聲音”的主人。“聲音”的主人是被稱為共生體的珍稀生命體。而宙太則是能與這個共生體協作發動共生技的特殊存在。順利通過錄用考試的宙太，便與共生體搭檔“多爾”，以及太陽系方面署署長雷恩·布里克、同僚其方美鈴等同伴一起，開始作為elDLIVE署員工作。