高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的女友毛利蘭在多羅碧加樂園約會時遇到了殺人事件。身為偵探的新一揭穿了這場殺人事件的騙局，不料卻在目睹了行動詭異的黑衣男子的交易場景之后，遭到背后襲擊并被灌下神秘組織新研發的毒藥Apoptoxin 4869，醒來時身體便回到了孩童狀態。