城市在恢復(fù)平靜后，大反派重新召集舊部卷土重來，并勾結(jié)外星惡勢力朗格試圖稱霸地球，忍者神龜萊昂納多、拉斐爾、多納泰羅和米開朗基羅與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾、韋恩·芬威克，及面具義警凱西·瓊斯并肩作戰(zhàn)打擊惡徒。在史萊德逃脫拘留后，他與瘋狂的科學(xué)家巴克斯特斯·托克曼及其兩個(gè)笨拙的左膀右臂豬面和牛頭聯(lián)合，發(fā)布了一個(gè)控制世界的惡魔計(jì)劃。在神龜們與史萊德及其同伙對抗的同時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)自己正面臨著一個(gè)更邪惡的力量大反派格朗，神龜們面對的將是宇宙級的強(qiáng)大對手。