零一沒有結束——滅亡迅雷站，復活！哉亞公司的ＣＥＯ——里昂 亞克蘭德，擄走了滅亡迅雷站的迅。 滅、亡還有雷想要去救迅，卻看到了大量的“士兵型修碼吉亞”。里昂的目的是大規模生產沒有自我意識的“士兵型修碼吉亞”，把他們當成武器，賣往全世界各國。 修碼吉亞將被當成武器利用，迅對這一事實感到憤慨，并告訴滅他想解救這些修碼吉亞。 于是滅亡迅雷站的四人，變身成了假面騎士，為救出“士兵型修碼吉亞”而戰斗。但就在那時，迅突然有些不對勁... 被里昂俘虜的迅到底經歷了什么？一切都按照里昂的“計劃”進行著，對人類而言的“最大威脅”， 將以令人意想不到的方式誕生——。