明治維新運動后十二年，日本迎來了新時代。曾經叱咤風云的劊子手緋村劍心如今已成為和平主義者，與朋友們一起在東京過著平靜的生活。一天晚上，劍心最喜歡的餐廳遭到炮火襲擊，只留下一張寫著“人誅”的字條——有人準備替天行道，審判之日近在眼前。此人名為雪代緣，對劍心懷恨在心，帶著一眾手下前來復仇。目睹無數無辜之人被牽扯進這場殘酷的斗爭，劍心終將面臨一場審判，并由此找到對過去的救贖。