阿力和貝貝都是優秀的科研小潛艇，他們是一對非常好的拍檔，在《潛艇總動員》中，他們共同完成了很多次的訓練和任務，這一次，兩個小家伙將面臨什么樣的神秘而有趣的挑戰呢？著名的海洋研究學家及水下考古考古學家蘇紅博士擁有四枚加勒比海盜藏在深海中的上古勛章的仿制品，四枚勛章分別代表了智慧、勇氣、友誼和正義。這一天，蘇紅博士召集阿力和貝貝，交代他們如果能夠完成一項任務將會獲贈一枚勛章，如果能夠收集齊四枚勛章，小家伙們將獲邀去泉州參加海洋博物館的開幕儀式，并將獲得博士贈送的神秘獎勵，這讓小潛艇們激動不已，躍躍欲試！