1964年，美國紐約布朗克斯區，圣尼古拉斯天主學校。修女阿洛伊修斯貝維爾令行禁止，教條嚴明，為學生們所畏懼；而新來的布倫丹弗林的神父則態度和藹，處事開明，受到學生們的喜愛。這期間，弗林尤其關心學校內有史以來第一位的黑人學生唐納德米勒。某天，詹姆斯修女將唐納德的奇怪表現報告給貝維爾修女。貝維爾認定弗林正與男孩發展不正當的關系，她決心不惜一切代價制止。然而事實究竟怎樣？