電影祈禱落幕時劇情根據東野圭吾的同名小說改編，講述了刑警加賀恭一郎在調查女性被害案時發現關于自己母親的真相的故事。　　在東京都葛飾區小菅的某座公寓里，發現了一具被勒死的女性遺體。被害者是在清潔公司上班、住在滋賀縣的押谷道子。而殺人現場的住戶越川睦夫下落不明。以松宮為首的警視廳搜查一科刑警們查不出越川與押谷道子有何交集，案件調查陷入困境。　　盡管知道押谷道子是為了拜訪她的同學、導演淺居博美才來東京的，但博美與越川之間也找不出什么交集。這時，案發地點附近發現了被燒死的尸體，松宮懷疑兩者有關聯。　　警方從越川公寓的物品中，發現了寫有日本橋周圍12座橋名的掛歷。刑警加賀恭一郎知道此事后非常激動，因為那東西與他的亡母大有關聯。